免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。
当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在agarose beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。再通过蛋白变性分离，对B蛋白进行检测，进而证明两者间的相互作用。
这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合体内实际情况，得到的结果可信度高。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
优点：
（1）相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；
（2）蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；
（3）可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。
缺点：
（1）可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；
（2）两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；
（3）必须在实验预测目的蛋白是什么，以选择检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
（4）灵敏度没有亲和色谱高。
实验原理：
1.抗体结合蛋白免疫共沉淀法的基本原理是将抗体加入细胞裂解液共孵育，使之与裂解液中相应的靶蛋白结合，再用蛋白 A/G 或二抗偶联的 Agarose 或 Sepharose 微珠孵育，得到微珠-蛋白 A/G-抗体-靶蛋白复合物沉淀，经过洗涤后，重悬于电泳上样缓冲液，煮沸使抗原与抗体从微珠解离，收集上清中富集的靶蛋白再进行电泳分离和鉴定。
免疫沉淀法一般由 6 个基本步骤组成：①裂解细胞；②抗原-抗体免疫复合物形成；③抗原-抗体复合物沉淀；④免疫复合物洗涤；⑤SDS-PAGE 分离抗原-抗体复合物；⑥免疫杂交检测。
2.染色质免疫共沉淀法的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA 复合物，并将其随机切断为 1 kb 左右的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀 DNA-蛋白复合体，特异性地富集与靶蛋白结合的 DNA 片段，通过对目的片断的纯化与检测（图 7-5），从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。
3.RNA 结合蛋白免疫共沉淀法的基本原理类似染色质免疫共沉淀，用来鉴定与特定 RNA 结合的细胞核或细胞质蛋白
实验过程：
（1）转染后24-48 h 可收获细胞，加入适量细胞裂解缓冲液（含蛋白酶抑制剂），冰上裂解30min, 细胞裂解液于4°C， 转速离心30 min后取上清；
（2）取少量裂解液以备Western blot分析，剩余裂解液加1μg相应的抗体加入到细胞裂解液，4°C缓慢摇晃孵育过夜；
（3）取10μl protein A 琼脂糖珠，用适量裂解缓冲液洗3 次，每次3,000 rpm离心3 min；
（4）将预处理过的10μl protein A 琼脂糖珠加入到和抗体孵育过夜的细胞裂解液中4°C缓慢摇晃孵育2-4h，使抗体与protein A琼脂糖珠耦联；
（5）免疫沉淀反应后，在4°C 以3,000 rpm 速度离心3 min，将琼脂糖珠离心至管底；将上清小心吸去，琼脂糖珠用1ml裂解缓冲液洗3－4次；加入15μl的2×SDS 上样缓冲液，沸水煮5分钟；
（6）SDS-PAGE, Western blotting或质谱仪分析。
注意事项：
(1) 确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白，单克隆抗体的使用有助于避免污染的发生；
(2) 要确保抗体的特异性，即在不表达抗原的细胞溶解物中添加抗体后不会引起共沉淀；
(3) 确定蛋白间的相互作用是发生在细胞中，而不是由于细胞的溶解才发生的，这需要进行蛋白质的定位来确定。
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原创作者：上海elisa生物技术有限公司
